Bioprospekcja enzymów działających w niskiej temperaturze

Stacks Image 1158
W grupie badawczej prowadzi się badania polegające na poszukiwaniu enzymów zakodowanych w metagenomach arktycznych, które wykazują dużą aktywność w stosunkowo niskich temperaturach. Celem tych badań jest uzyskanie homogennych preparatów enzymów użytecznych w różnych gałęziach przemysłu.
Wykorzystywane są techniki bioinformatyczne, mikrobiologiczne i szeroki wachlarz technik biologii molekularnej.

Od października 2023 r. do września 2024 r. projekt pt. "Poszukiwanie celulaz i pektynaz z psychrofilnych bakterii arktycznych na potrzeby rolnictwa regeneracyjnego" jest finansowany z IDUB Nowe Idee 3B w Priorytetowym Obszarze Badawczym I.





Dodatkowe lub zakończone projekty

Narzędzie bioinformatyczne oparte na uczeniu maszynowym do analizy strukturalnej białek

Stacks Image 1182
Praca licencjacka Alberta Roethla pt. "BioS2Net: holistyczna, sekwencyjno-strukturalna analiza biomolekuł z wykorzystaniem metod głębokiego uczenia" została opublikowana jako artykuł naukowy w czasopiśmie International Journal of Molecular Sciences.

Roethel A., Biliński P., Ishikawa T. (2022) BioS2Net: Holistic structural and sequential analysis of biomolecules using a deep neural network. Int. J. Mol. Sci., 23(6):2966. [HTML]


Priony drożdżowe służące do badania związków anty-prionowych

Stacks Image 1644
W laboratorium prowadzi się prace nad prionami u drożdży Saccharomyces cerevisiae.
Jeden z kierunków badań obejmuje tworzenie sztucznych prionów u drożdży S. cerevisiae, które mają zastosowanie jako model służący do badania związków chemicznych o aktywności anty-prionowej.

Decyzją Narodowego Centrum Nauki z dnia 4 grudnia 2019 r. projekt pt. Release and glow: dwuskładnikowy system oparty o drożdże Saccharomyces cerevisiae do ilościowych badań przesiewowych związków o aktywności antyprionowej, został zakwalifikowany do finansowania (projekt nr 501/66 GR-6220).

Projekt uzyskał w 2018 r. finansowane z grantu Uniwersyteckiego Ośrodka Transferu Technologii pt. Udoskonalenie prototypu drożdżowego systemu do badań przesiewowych związków o aktywności antyprionowej w poszukiwaniu leku na śmiertelne choroby neurodegeneracyjne.

Wyniki prowadzonych badań zostały opublikowane w publikacjach:

  • Ishikawa T. (2021) Saccharomyces cerevisiae in neuroscience: how unicellular organism helps to better understand prion protein?
  • Ishikawa T., Lisiecki K. (2020) Anti-prion drug screening system in Saccharomyces cerevisiae based on an artificial [LEU2+] prion.
Obecnie przygotowywana jest kolejna publikacja z udziałem studentek i studentów, którzy będą jej współautorami.

Prace prowadzone w grupie z udziałem studentek i studentów zostały także zaprezentowane na międzynarodowych konferencjach naukowych:

  • Małecki P., Woźniak A., Ishikawa T. (2020) Anti-prion drug screening system based on split GFP and mCherry fluorescent proteins expressed in the yeast Saccharomyces cerevisiae. 43rd annual meeting of the Molecular Biology Society of Japan (on-line conference), December 2-4, 2020
  • Ishikawa T., Prażmo E. (2018) Release and glow: application of split green fluorescent protein to anti-prion drug screening system in Saccharomyces cerevisiae, 41st annual meeting of the Molecular Biology Society of Japan, Yokohama, Japan, November 28-30, 2018
  • Ishikawa T., Kruszyńska D., Szewczyk M. (2015). Evaluation of anti-prion drugs by Saccharomyces cerevisiae expressing artificial prion. EMBO Young Scientists Forum, Warsaw, Poland, July 2-3, 2015.
  • Ishikawa T., Lisiecki K. (2014). Anti-prion drug screening system based on artificial prions in Saccharomyces cerevisiae. 37th annual meeting of the Molecular Biology Society of Japan, Yokohama, Japan, November 25-27, 2014.

Praca licencjacka mgr. Kamila Lisieckiego, który wykonał pracę w mojej grupie, została wyróżniona w konkursie Złoty Medal Chemii (2013) zorganizowanym przez Instytut Chemii Fizycznej PAN. Część pracy licencjackiej została także opublikowana w artykule przeglądowym:
Lisiecki K. (2013) Molekularny Dr Jekyll i Mr Hyde. Edukacja Biologiczna i Środowiskowa 46(2):23-32.



Obecnie prace dyplomowe wykonują:

Tomasz Buko (II rok MU)
Wojciech Garstka (II rok MU)
Karol Piekarski (II rok MU)
Julia Bartczak (I rok MU)
Julia Rydz (I rok MU)
Michał Stanowski (III rok)


Pod opieką tutorską są następujący studenci MISMaP:

Julia Topiłko
Gabriela Łagoda
Maciej Kowalski


Prace magisterskie wykonali m.in.:

dr Sara Banerjee (pracę doktorską wykonała w Centre de recherche sur le cancer, Université Laval)
dr Marek Bukowicki (pracę doktorską wykonał w Instytucie Podstawowych Problemów Techniki PAN)
dr Maja Cieplak-Rotowska (pracę doktorską wykonała w Zakładzie Biofizyki Wydziału Fizyki UW)
dr Kamil Grzyb (pracę doktorską wykonał w Université du Luxembourg)
dr Katarzyna Hooks (pracę doktorską wykonała w Faculty of Life Sciences, University of Manchester)
dr Dorota Kulesza (pracę doktorską wykonała w Instytucie Biologii Doświadczalnej im. Nenckiego PAN)
dr Joanna Ledwoń (pracę doktorską wykonała w Centrum Medyczne Kształcenia Podyplomowego)
dr Karolina Rokosz (pracę doktorską wykonała w Instytucie Biologii Doświadczalnej im. Nenckiego PAN)
dr Aleksandra Skrajna (pracę doktorską wykonała w Instytucie Biochemii i Biofizyki PAN)
mgr Agata Bąk (obecnie doktorantka w National Institute of Cardiovascular Research)
mgr Paweł Małecki (obecnie doktorant w Universität für Bodenkultur Wien)
mgr Grzegorz Ścibisz (obecnie doktorant w Vienna BioCenter)
mgr Agnieszka Sztyler (obecnie doktorantka w Charité – Universitätsmedizin Berlin)
mgr Aleksander Woźniak (obecnie doktorant w Pracowni Chemii Kwantowej Wydziału Chemii UW)


Prace licencjackie wykonali m.in.:

Albert Roethel (obecnie data scientist w deepsense.ai)
Adrian Iwaniuk (obecnie clinical research associate w Parexel)
Evelina Volovičeva (obecnie doktorantka w Universitätsspital Zürich)
Natalia Szulc (obecnie doktorantka w Międzynarodowym Instytucie Biologii Molekularnej i Komórkowej)
dr Jacek Kędzierski (obecnie asystent w Universität Basel)
dr Kamil Lisiecki (obecnie head of preclinical CMC w Molecure SA)


Staż naukowy odbyli:

© 2015-2024 takao.pl